Kupiškio rajone telkšo 24 ežerai:
| Kodas | Ežero pavadinimas | Plotas, ha |
|---|---|---|
| 41030062 | Akmenytė | 1,4 |
| 41030054 | Aleja | 3,1 |
| 42030024 | Apaščios ežeras | 3 |
| 42030021 | Ašakinis | 6 |
| Bedugnėlis | 0,8 | |
| 42030027 | Bedugnis | 1,5 |
| 41030063 | Drulėnų ežeras | 2,8 |
| Dvikelmis | 0,43 | |
| 42030020 | Ešerinis | 28,2 |
| 41030065 | Indubas | 5,2 |
| 12231514 | Iženas | 12,5 |
| 41030066 | Kepurinis | 2 |
| 42030023 | Kulys | 9,9 |
| Lelijinis | 0,3 | |
| Lėvenaitis | 0,6 | |
| 42030062 | Mirgų ežeras | 20,2 |
| 41040051 | Mituva | 38,2 |
| 42030022 | Notigalė | 91,5 |
| Piliakalnio ežerėlis | 0,6 | |
| 41030067 | Puožas | 24,4 |
| 41030050 | Skapiškio ežeras | 3,3 |
| 12231630 | Uzinas | 0,5 |
| 41030064 | Varležeris | 1,7 |
| 42030026 | Varležeris | 0,2 |
Akmenės rajonas | Alytaus miestas | Alytaus rajonas | Anykščių rajonas | Biržų rajonas | Druskininkų savivaldybė | Elektrėnų savivaldybė | Ignalinos rajonas | Jonavos rajonas | Joniškio rajonas | Jurbarko rajonas | Kaišiadorių rajonas | Kalvarijos savivaldybė | Kauno miestas | Kauno rajonas | Kėdainių rajonas | Kelmės rajonas | Klaipėdos rajonas | Kretingos rajonas | Kupiškio rajonas | Lazdijų rajonas | Marijampolės savivaldybė | Mažeikių rajonas | Molėtų rajonas | Pagėgių savivaldybė | Pakruojo rajonas | Palangos savivaldybė | Panevėžio rajonas | Pasvalio rajonas | Plungės rajonas | Prienų rajonas | Radviliškio rajonas | Raseinių rajonas | Rietavo savivaldybė | Rokiškio rajonas | Skuodo rajonas | Šakių rajonas | Šalčininkų rajonas | Šiaulių miestas | Šiaulių rajonas | Šilalės rajonas | Šilutės rajonas | Širvintų rajonas | Švenčionių rajonas | Tauragės rajonas | Telšių rajonas | Trakų rajonas | Ukmergės rajonas | Utenos rajonas | Varėnos rajonas | Vilkaviškio rajonas | Vilniaus miestas | Vilniaus rajonas | Visagino savivaldybė | Zarasų rajonas