Jonų bažnyčia

Šv. Jonų bažnyčios statybos pradžia siejama su Lietuvos krikštu.

Prie buvusių svarbiausių gatvių sankryžos 1387–1426 m. pastatyta mūrinė gotikinė pirmoji parapinė bažnyčia. Ji pradėta statyti Lietuvos didžiojo kunigaikščio Jogailos iniciatyva. XV a. ir 1530 m. bažnyčia degė. Po gaisro kaskart ji buvo atstatoma, kol XVI a. viduryje, klebonaujant žymiam teisininkui Petrui Rozijui, tapo svarbiu reformacijos ir kontrreformacijos kovų epicentru.

1571 m. kovo 11 d. Abiejų Tautų Respublikos valdovas Žygimantas Augustas bažnyčią oficialiai perdavo jėzuitų įsteigtai Vilniaus kolegijai. Tais pačiais metais bažnyčios rekonstrukcijai jėzuitams šalia Riešės buvo paskirtas molingas sklypas plytinei įrengti. Nors perstatymo metu išlaikyta pamatinė gotikinė pastato architektūra, bažnyčios tūris gerokai pakito – pastatas pailgintas dabartinės Šv. Jono gatvės link. Siekiant erdvę pritaikyti iškilmingoms akademinėms bei religinėms jėzuitų ordino apeigoms, sumūryta nauja plati presbiterija su deambulatorijumi (apėjimu aplink didįjį altorių) bei trisienė apsida.

1600–1610 m. šalia bažnyčios iškilo mūrinė varpinė. Šventovė nukentėjo 1655 m. karo su Maskva metu, kai įgriuvo jos skliautai, tačiau netrukus pastatas suremontuotas. 1700 m. rekonstruotas vargonų choras ir įsigyti nauji vargonai. 1702 m. Švedijos kariuomenė išsigabeno sidabrinius liturginius reikmenis.

1737 m. bažnyčia sudegė, išsilydė varpai. Atstatant, fasadas ir frontonas įgavo vėlyvojo baroko formas. Po 1737 m. gaisro buvo paaukštinta varpinė. Vilniaus miesto gaisrai tapo impulsu architektui Jonui Kristupui Glaubicui sukurti fundamentalų šventovės rekonstrukcijos projektą, iš esmės pakeitusį senąjį gotikinį pastato siluetą. J. K. Glaubico dėka bažnyčios fasadas ir frontonas įgavo plastiškas, banguojančias formas, tapusias „Vilniaus baroko“ mokyklos etalonu. Kartu su gerokai paaukštinta varpine šis ansamblis virto didinga vertikalia senamiesčio dominante, simbolizuojančia po pelenų prisikėlusį mokslo ir tikėjimo triumfą universiteto erdvėje.

1743–1754 m. laikotarpiu dailininkas J. Salmanas bažnyčios skliautus ir sienas papuošė monumentaliomis freskomis, kurios sukūrė vientisą barokinį theatrum sacrum (šventojo teatro) efektą, papildantį J. K. Glaubico suformuotą altorių ansamblį. 1756–1758 m. bažnyčios perstatymo ir dekoro darbams vadovavo žymus jėzuitų astronomas bei architektas Tomas Žebrauskas, kurio intelektualinė įtaka padėjo galutinai sutvarkyti šventovės erdves. Bažnyčią dekoravo broliai Jonas Hėdelis ir Juozas Hėdelis, jėzuitai skulptoriai M. Schickas, J. Grymas, J. Kierneris, dailininkai J. Sahlmanas, F. Obstas, stalius I. Bartschas. Po 1773 m. Edukacinės komisijos reformos ir jėzuitų ordino panaikinimo bažnyčia oficialiai priklausė universitetui, galutinai įtvirtindama savo, kaip akademinės bei reprezentacinės erdvės, funkciją Vilniaus senamiesčio panoramoje. Bažnyčioje vyko iškilmingi susirinkimai, ypatingomis progomis priimti Lietuvos didieji kunigaikščiai Steponas Batoras, Žygimantas III, Vladislovas Vaza, Jonas Kazimieras, t. p. Rusijos imperatorius Petras I.

1827–1828 m. Karolis Podčašinskis gotišką pietų fasado portalą pakeitė klasicistiniu. Tuo metu buvo nugriauta aukšta mūro siena, skyrusi bažnyčią ir varpinę nuo gatvės. Per šį remontą pakeistas vidus, užtinkuota daug freskų, nugriauti prie kolonų buvę altoriai. 1842 m. Šv. Jonų bažnyčia tapo parapine. Caro valdžios įsakymu uždarius kai kurias Vilniaus bažnyčias, iš jų į Šv. Jonų bažnyčią buvo atkelta dalis paveikslų ir skulptūrų bei kito inventoriaus. Paminėtina, kad į Šv. Jonų bažnyčios Šv. Onos koplyčią 1864 m. buvo perkeltas Šv. Viktoro (Viktorino) altorius iš Vilniaus Švč. Mergelės Marijos (pranciškonų) bažnyčios. 1840–1842 m. Šv. Jonų bažnyčioje vargonininkavo kompozitorius Stanislovas Moniuška. 1888–1889 m. vyko bažnyčios remontai. 1903 m. buvo remontuojama varpinė.

1915 m. į Rusiją iš bažnyčios išvežti 3 varpai. 1917 m. Vokietijos kareiviai išplėšė metalines vargonų dalis. 1940–1942 m. bažnyčia tarp lietuvių garsėjo ugningais, patriotiniais kunigo Alfonso Lipniūno pamokslais. Jį 1943 m. naciai išvežė į Štuthofo koncentracijos stovyklą.

1948 m. vasarą Šv. Jonų bažnyčia buvo uždaryta. 1949 m. daugiau kaip 5000 bažnyčioje rastų knygų perduota Knygų rūmams, inventorius, meno vertybės – įvairioms organizacijoms, „Tiesos“ laikraščio redakcijai. Keli baldai, paveikslai pateko į Istorijos ir etnografijos muziejų. Dalis inventoriaus, kitų vertybių išvogta, sugadinti vargonai, apnaikinti altoriai. Bažnyčioje įrengtas popieriaus sandėlis. 1965 m. bažnyčia oficialiai perduota Vilniaus universitetui, 1964–79 m. restauruota pagal Romano Jalovecko projektą: atnaujintos koplyčios, altoriai, atidengta dalis sienų tapybos kompozicijų vidurinėje navoje, Šv. Stanislovo Kostkos ir kitose koplyčiose, senojoje zakristijoje. 1979 m. bažnyčioje įrengtas Mokslo muziejus.

1989 m. restauruotos šv. Onos ir Marijos paguodos koplyčių freskos. 1990 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems, atkurta parapija. 1991 m. spalio 11 d. bažnyčia pašventinta. Į ją sugrįžo ir Jėzaus draugijos (jėzuitų vienuolijos) kunigai. 2000 m. baigti įrengti ir pašventinti didieji vargonai. Grąžinus bažnyčią tikintiesiems, pirmasis jos prefektas buvo Jonas Boruta, dabartinis Telšių vyskupas. Netrukus iš jo pareigas perėmė tėvas Eitvydas Merkys, vėliau Antanas Saulaitis, po to Leo Leise, Algis Baniulis, Stasys Kazėnas. Nuo 2014-ųjų bažnyčios prefektas ir VU kapelionas – Vidmantas Šimkūnas. Bemaž nuo bažnyčios atšventinimo sielovados darbuose kunigams talkina vienuolės seserys eucharistietės ir ilgametis zakristijonas Saulius Slankauskas.

Po lemtingo 1737 m. Vilniaus gaisro šventyklos rekonstrukcijai vadovavo architektas Jonas Kristupas Glaubicas, suformavęs plastišką, banguojančių formų pagrindinį fasadą, tapusį Vilniaus baroko mokyklos etalonu.

Architektūrinė bažnyčios kompozicija pasižymi sudėtinga ir harmoninga struktūra: tai stačiakampio plano, trijų navų halinis pastatas, užsibaigiantis presbiterija su trisiene apside. Pagrindinį tūrį papildo funkcinės ir estetinės detalės: vakarinėje bei pietinėje pusėse įrengti erdvūs prienaviai, pietinį fasadą puošia puošnus portalas, šalia kurio iškyla autentiškas bokštas-laiptinė. Šventovės perimetrą rėmina šešios meistriškai įkomponuotos koplyčios bei įvairios pagalbinės patalpos ir zakristija, suteikiančios pastatui tūrinio vientisumo. Visą šį architektūrinį ansamblį užbaigia po bažnyčios pamatais išsidėstę nevienodo dydžio bei aukščio rūsiai, sudarantys platų požemių tinklą.

Keturių tarpsnių Šv. Jonų bažnyčios pagrindinis fasadas, atsiveriantis į Vilniaus Universiteto Didįjį kiemą, pasižymi ritmiška arkadų bei piliastrų seka, kuri meistriškai suvienija aukštą šventovės tūrį su žemesnėmis galerijomis į vientisą ansamblio erdvę. Architekto Jono Kristupo Glaubico sukurta meninė programa veikia kaip vizualus pamokslas: trečiajame tarpsnyje, nišose tarp kolonų, išdėstytos keturios ekspresyvios stiuko skulptūros. Kraštinėse nišose įkomponuoti jėzuitų ordino steigėjai – Šv. Ignacas Lojola bei Šv. Pranciškus Ksaveras, vidinė statulų pora vaizduoja titulinius bažnyčios globėjus – Šv. Joną Krikštytoją ir Šv. Joną Evangelistą. Šio tarpsnio centre puikuojasi Jėzaus draugijos emblema – monograma IHS. Nors fasadas yra vėlyvojo baroko šedevras, jo gotikinę kilmę išduoda trys išlikę siauri ir aukšti langai. Žemutinėje dalyje įmūrytos paminklinės lentos pagerbia iškilius jėzuitų mąstytojus – Petrą Skargą ir Jokūbą Vuiką.

Pietinėje bažnyčios pusėje, nuo Šv. Jono gatvės, įrengtas monumentalus neoklasicistinio stiliaus prieangis su portiku, kurį remia korintinės kolonų eilės. Šis vėlesnis priestatas sukuria stilistinį kontrastą puošniam barokiniam fasadui. Bažnyčią su nuošaliau stovinčia, aukščiausia senamiesčio panoramoje varpine jungia puošnūs mūriniai vartai, užbaigiantys vientisą sakralinio ansamblio kompoziciją.

Rytinėje dalyje, iš Pilies gatvės pusės, ant presbiterijos sienos kabo didelis kryžius su Išganytojo figūra. Po juo 1759 m. Jono Liutauro Chreptavičiaus lėšomis įmūryta memorialinė lenta – Chreptavičių giminės epitafija. Ji informuoja, jog už sienos esančioje Loreto Švč. Mergelės Marijos koplyčioje ilsisi trys giminės moterys. Iš klinties, geležies ir vario pagamintą plokštę juosia vėlyvojo baroko stiliaus rėmas, dekoruotas kremzliniais motyvais bei giminės herbu. Virš epitafijos įrengtas dekoratyvus balkonėlis su ažūrine metaline tvorele ir stogeliu.

Šioje sienoje taip pat yra išlikusi, tačiau šiuo metu uždažyta unikali XVIII a. freska, vaizduojanti mirtį ir maro epidemijos baisumus. Kūrinys buvo sukurtas kaip votyvinė padėka už išsigelbėjimą nuo 1710 m. Didžiojo maro, nusinešusio didžiąją dalį Vilniaus gyventojų. Šis monumentaliosios tapybos fragmentas yra retas ir istoriškai itin vertingas to laikotarpio negandų liudijimas.

Šventovę dengia itin aukštas, stačias stogas, išlaikęs gotikines proporcijas. Restauruojant pastatą, jo danga buvo atkurta naudojant autentiškas tamsaus skalūno plokšteles.

Bažnyčios eksterjere ryškūs skirtingų epochų pėdsakai: po 1827 m. architekto Karolio Podčašinskio suprojektuotu neoklasicistiniu pietiniu prieangiu yra išlikęs autentiškas šoninis gotikinis portalas. Šis elementas žymi vieną seniausių įėjimų į šventyklą ir liudija XV a. siekiančias pastato ištakas. Gotikinę statinio prigimtį šoniniuose fasaduose taip pat patvirtina masyvūs, mūrą sutvirtinantys kontraforsai bei aukšti, smailiaarkiai langai, kurie išliko nepaisant vėlesnių barokinių rekonstrukcijų.

Vilniaus šv. Jonų bažnyčia yra gotikinės struktūros, barokinių formų, halinė, bazilikinio tipo, su žvaigždiniais ir kryžminiais skliautais. Ją sudaro trys navos (centrinė ir dvi šoninės), kurias skiria masyvūs pilioriai. Centrinė nava gerokai aukštesnė už šonines, kas būdinga vėlyvojo baroko architektūrai, siekiant sukurti erdvės ir šviesos žaismą.

Dabartinis Šv. Jonų bažnyčios interjero vaizdas galutinai susiformavo po 1737 m. gaisro, kai rekonstrukcijos darbams vadovavo architektas Jonas Kristupas Glaubicas. Esminis interjero akcentas – unikalus, Lietuvoje analogų neturintis dešimties altorių ansamblis, suprojektuotas kaip vientisa vėlyvojo baroko scenografinė kompozicija. Pagrindine ansamblio ašimi tapo Didysis altorius, pasižymintis sudėtinga ir dinamiška dešimties laisvai stovinčių kolonų struktūra, kurios centre puikuojasi auksuotas tabernakulis. Ši kompozicija sukurta laikantis griežtos vizualinės ašies: Didysis altorius yra vienoje linijoje su bažnyčios gale esančiu Loreto Švč. Mergelės Marijos altoriumi, taip suformuojant gilią perspektyvinę erdvę. Didysis altorius organiškai sujungtas su šoniniais Šv. Ignaco Lojolos bei Šv. Pranciškaus Ksavero altoriais, kurie kartu sudaro trijų altorių grupę presbiterijoje. Visas ansamblis išsiskiria ne tik architektūriniu sudėtingumu, bet ir gausiu skulptūriniu dekoru bei iliuzinės erdvės kūrimu, būdingu vadinamajai Vilniaus baroko mokyklai.

Didžiojo altoriaus centre dominuoja monumentalus kryžius su Nukryžiuotojo skulptūra, visą kompoziciją praturtina gausi ikonografinė programa. Apatiniame tarpsnyje išdėstytos keturios šventųjų Jonų skulptūros: Šv. Jonas Aleksandrijos patriarchas Išmaldininkas, Šv. popiežius Jonas I, Šv. Jonas Nepomukas bei Šv. Jonas vyskupas Stebukladaris. Antrajame altoriaus tarpsnyje įkomponuota skulptūrinė grupė „Jėzaus Krikštas“, vaizduojanti esminį biblijinį įvykį. Altoriaus viršūnę vainikuoja reljefinė glorija – spindulių nušviesta kompozicija su horeljefinėmis Dievo Tėvo, Šventosios Dvasios (vaizduojamos balandžio pavidalu) ir angeliukų figūromis. Ši plastiška, stiuko technika atlikta skulptūrinė programa suteikia altoriui dinamiškumo ir pabrėžia jo, kaip pagrindinio bažnyčios sakralinio akcento, svarbą.

Su Didžiuoju altoriumi organiškai sujungti šoniniai presbiterijos altoriai pasižymi sudėtinga ikonografine programa ir gausia puošyba. Šv. Ignaco Lojolos altorius (pietinėje pusėje) turi du paveikslus, keturias skulptūras, reljefinę kompoziciją bei sarkofagą-relikvijorių. Pirmajame tarpsnyje kabo paveikslas „Šv. Jonas Krikštytojas“, kurį papildo šventųjų jėzuitų – Šv. Jono iš Goto ir Šv. Jono Kentiečio – skulptūros. Antrajame tarpsnyje įkomponuotas paveikslas „Šv. Ignacas Lojola“ (arba „Šv. Pranciškus Ksaveras“), jį rėmina egzotiškų kraštų, kuriuose vyko jėzuitų misijos, personifikacijos – skulptūros „Indija“ ir „Afrika“. Šv. Pranciškaus Ksavero altorius (šiaurinėje dalyje) pasižymi analogiška struktūra: jį puošia du paveikslai, trys skulptūros bei sarkofagas-relikvijorius. Pirmojo tarpsnio centre įkomponuotas paveikslas „Šv. evangelistas Jonas“ ir paties Šv. Pranciškaus Ksavero skulptūra. Antrajame tarpsnyje matomas paveikslas „Šv. Pranciškus Ksaveras“ (dar žinomas kaip „Vienuolis ekstazėje“), šonuose iškyla jėzuitų misijų geografiją simbolizuojančios „Arabija“ ir „Kinija“ skulptūros.

Kiti altoriai išdėstyti taip, kad žvelgiant nuo pagrindinio įėjimo susidarytų laiptuota, į gylį vedanti perspektyva. Šoninėse navose, pradedant nuo kairės pusės pagal laikrodžio rodyklę, išsidėstę Šv. Juozapo, Šv. Kazimiero, Kristaus Nukryžiuotojo ir Loreto Švč. Mergelės Marijos altoriai. Dešinėje pusėje (žiūrint nuo didžiojo altoriaus) išrikiuoti Sopulingosios Dievo Motinos, Šv. arkangelo Mykolo bei Šv. apaštalų Petro ir Pauliaus altoriai.

Šv. Juozapo altoriuje kabo paveikslai „Šv. Petras ir Paulius“ bei virš jo esantis „Šv. Teresė Avilietė“, kompoziciją papildo keturios angelų skulptūros ir reljefinė kompozicija. Panašia struktūra pasižymi Šv. Kazimiero altorius, kuriame pirmajame tarpsnyje įkomponuotas paveikslas „Šv. Jonas Nepomukas“, antrajame – „Šv. Judas Tadas“, taip pat matomos keturios angelų figūros. Kristaus Nukryžiuotojo altoriaus pirmajame tarpsnyje eksponuojamas paveikslas „Šv. Andriejus Bobola“ bei nežinomų šventųjų skulptūros, antrajame – kūrinys „Trys jėzuitų kankiniai“. Vienas puošniausių ansamblyje yra Loreto Švč. Mergelės Marijos altorius, kuriame išdėstytos septynios skulptūros: apatiniame tarpsnyje stovi „Loreto Švč. Mergelės Marijos“, „Šv. evangelisto Jono“ ir „Šv. evangelisto Luko“, viršutiniame – „Šv. evangelisto Mato“ bei „Šv. evangelisto Morkaus“ figūros. Šį altorių vainikuoja reljefinis kartušas su „Agnus Dei“ skulptūrėle bei reljefinė kompozicija „Loreto namelis“.

Centrinėje navoje prie piliorių stovi 18 skulptūrų ansamblis, sukurtas XVIII a. viduryje (apie 1748–1751 m.). Pagrindiniu šių vėlyvojo baroko kūrinių autoriumi laikomas skulptorius Jonas Kristupas Hedelis. Nors XIX a. pirmoje pusėje architektas Karolis Podčašinskis, siekdamas klasicistinio tyrumo, pašalino dalį barokinių interjero detalių, šis monumentalus skulptūrų ciklas buvo išsaugotas. Nemaža dalis skulptūrų vaizduoja krikščionybės istorijoje pasižymėjusius šventuosius, vardu Jonas. Be šventųjų Jono Krikštytojo ir Jono Evangelisto bažnyčioje pavaizduoti šventieji Bažnyčios tėvai Jonas iš Damasko ir Jonas Auksaburnis, šventieji vienuoliai Jonas Guadalbertas, Jonas iš Fakundo ir Jonas Chuzibitas, šventasis patriarchas Jonas Aleksandrijos Išmaldininkas, nekanonizuotas Jonas Satkanderis. Visi šventieji Jonai, išskyrus Sarkanderį, yra minimi ir Vilniaus jėzuitų bažnyčioje. Be to, Sv. Jonų bažnyčioje buvo ar dar turėjo būti pavaizduoti šie šventieji: pranciškonas Jonas Bonaventūra, Evangelistas Jonas Morkus, jėzuitas Jonas Raulinas, Jonas iš Dūkios, atsiskyrėlis Jonas Klimakas, karmelitas Kryžiaus Jonas, Bonifratrų vienuolijos įkūrėjas Dievo Jonas, trinitorių vienuolijos įkūrėjas Jonas iš Mathos, bernardinas Jonas Kapistranas. Likusios figūros vaizduoja kitas iškilias religines asmenybes, kurių parinkimas simbolizuoja mokslo ir tikėjimo vienovę – idėją, buvusią itin reikšmingą universiteto dvasiniam bei intelektualiniam gyvenimui.

Pietinio įėjimo prienavyje stovi XVIII a. antrojoje pusėje sukurta Šv. Ignaco Lojolos skulptūra (autorius nežinomas). Šis kūrinys yra meistriška skulptoriaus Giuseppe Rusconi kompozicijos, esančios Vatikano Šv. Petro bazilikoje, kopija. Skulptūros buvimas šioje vietoje pabrėžia stiprius istorinius ryšius tarp Vilniaus jėzuitų bendruomenės ir Romos, kartu liudydamas apie aukštą baroko epochos kopijavimo meistriškumą bei siekį Vilniaus šventovėse atkartoti svarbiausius krikščioniškojo pasaulio meninius pavyzdžius.

Šv. Jonų bažnyčios interjeras per šimtmečius tapo savotišku Vilniaus universiteto panteonu, kuriame gausu memorialinių paminklų iškilioms mokslo ir kultūros asmenybėms. Centrinėje navoje bei koplyčiose sumontuotos meniškos epitafijos ir biustai liudija glaudų šventovės ryšį su akademine bendruomene. 1827 m. šiaurinėje navoje įrengtas universiteto rektoriaus, Vilniaus vyskupo Jeronimo Stroinovskio memorialinis paminklas, sukurtas pagal architekto Karolio Podčašinskio projektą. Viršutinėje šio klasicizmo stiliaus paminklo dalyje įtaisytas skulptoriaus Kazimiero Jelskio sukurtas vyskupo biustas, kompoziciją papildo giminės herbas ir memorialinė lenta su įrašu. Puikių proporcijų paminklas buvo pastatytas už paaukotas lėšas ir iškilmingai atidengtas 1829 m. gruodžio 30 d.

Šv. Jonų bažnyčios memorialinėje erdvėje išskirtinis dėmesys skirtas poetui, Vilniaus universiteto auklėtiniui Adomui Mickevičiui. 1899 m., minint poeto 100-ąsias gimimo metines, pietinėje navoje buvo įrengtas monumentalus paminklas, kurį sudaro skulptoriaus Marcelis Gujskis sukurtas bronzinis poeto biustas ir jį rėminanti gipsinė kompozicija. Architekto Jonas Vasiliauskas suprojektuotas paminklas pasižymi istorizmo stiliaus bruožais; jo papėdėje įkomponuoti poeto kūrybą simbolizuojantys atributai – lyra ir laurų vainikas. Šis memorialas tapo svarbiu kultūriniu akcentu, aplink kurį vėliau susiformavo ištisas žymių žmonių panteonas. Šalia poeto biusto įmūrytos atminimo lentos ir kiti bareljefai primena jo ryšį su filomatų ir filaretų judėjimais bei studijų metais Vilniaus universitete puoselėtas laisvės idėjas. Mickevičiaus paminklas bažnyčioje ilgą laiką tarnavo ne tik kaip meninis akcentas, bet ir kaip tylaus pasipriešinimo bei tautinės tapatybės simbolis.

Pietinėje bažnyčios navoje, greta kitų iškilių asmenybių, pagerbtas pirmasis lietuviškai rašęs Lietuvos istorikas, Vilniaus universiteto auklėtinis Simonas Daukantas. 1924 m. čia atidengtas jam skirtas memorialinis paminklas, kurį sudaro skulptoriaus Juozo Zikaro sukurtas bronzinis biustas, įkomponuotas į klasicizuojančių formų edikulą. Šis paminklas simboliškai įprasmina S. Daukanto indėlį į Lietuvos istoriografiją ir tautinį atgimimą, pabrėžiant jo studijų metus Vilniaus universitete. Bažnyčios memorialinę erdvę taip pat puošia paminklas lietuvių raštijos pradininkui, jėzuitui, profesoriui Konstantinui Sirvydui. 1989 m., minint universiteto jubiliejų, šiaurinėje navoje įrengtas skulptoriaus Juozo Kėdainio sukurtas paminklas. Jame pavaizduotas mąslus mokslininkas, rankose laikantis savo pagrindinį darbą – pirmąjį lietuvių kalbos žodyną. Šis akcentas primena K. Sirvydo, kaip vieno iškiliausių senojo universiteto dėstytojų ir pamokslininkų, dvasinį bei lituanistinį palikimą.

Be jau paminėtų asmenybių, bažnyčios interjere įamžinti ir kiti iškilūs Lietuvos kultūros bei mokslo veikėjai, suformuojantys vientisą istorinę atminties erdvę. Prie piliorių ir sienų sumontuoti memorialiniai paminklai poetui Vladislovui Sirokomlei bei kompozitoriui Stanislovui Moniuškai. Pastarojo biustas (skulpt. Boleslovas Balzukevičius) simboliškai puošia vargonų choro papėdę, primindamas, jog kompozitorius dešimtmetį ėjo šios bažnyčios vargonininko pareigas. Šiaurinėje navoje įmūryta lenta pagerbia 1794 m. sukilimo vadą, Vilniaus gynėją Jokūbą Jasinskį. Ypač vertingas savo menine raiška yra vėlyvojo renesanso bei manierizmo stiliaus didikų Oginskių šeimos antkapinis paminklas, esantis jų vardo koplyčioje. Tai vienas seniausių ir meistriškiausių tokio tipo paminklų Lietuvoje, pasižymintis sudėtinga skulptūrine kompozicija bei giminės heraldika. Greta jo išsiskiria vėlyvojo baroko bruožų turintis paminklas Vilniaus vyskupui, Edukacinės komisijos pirmininkui Ignotui Jokūbui Masalskiui, kuris įkūnija Apšvietos epochos idealus ir vyskupo indėlį į švietimo reformą.

Šv. Jonų bažnyčios panteoną papildo gausi portretų galerija bei memorialinės lentos, skirtos asmenybėms, kurios formavo intelektualinį Vilniaus veidą. Bažnyčios sienas ir piliorius puošia daktaro Jono Basanavičiaus, astronomo Martyno Počobuto, vyskupo Motiejaus Valančiaus, karaliaus Stepono Batoro, medicinos profesorių Andriaus Sniadeckio bei Juozapo Adomo Valavičiaus, jėzuito Sarbievijaus, teisininko bei astronomo Jono Sniadeckio ir kitų iškilių asmenų portretai. Memorialinę ansamblio vertę praturtina paminklai universiteto kuratoriams bei mecenatams. Tarp jų išskirtinę vietą užima memorialinė lenta Adomui Jurgiui Čartoriskiui – Vilniaus švietimo apygardos kuratoriui, kurio vadovavimo laikotarpiu universitetas išgyveno savo klestėjimo laikotarpį. Interjere taip pat sumontuotos epitafijos ir atminimo ženklai rašytojui Antanui Edvardui Odinecui, 1794 m. sukilimo vadui Tadui Kosciuškai bei kitiems asmenims, reprezentavusiems XIX a. Vilniaus kultūrinę ir politinę mintį.

Bažnyčios skliautai yra vėlyvosios gotikos laikotarpio palikimas – tai sudėtingi tinkliniai ir žvaigždiniai skliautai, sėkmingai išlikę po daugybės gaisrų bei rekonstrukcijų. Šias konstrukcijas puošia XVIII a. vidurio freskų ciklas, pasižymintis dinamiškomis kompozicijomis ir turtinga religine simbolika. Pagrindinėse freskose vaizduojamos scenos iš titulinių šventųjų – Šv. Jono Krikštytojo ir Šv. Jono Evangelisto – gyvenimų bei dangiškoji hierarchija. Ši monumentali tapyba sukuria baroko epochai būdingą „atviro dangaus“ iliuziją, vizualiai išplečiančią bažnyčios erdvę ir sujungiančią architektūrines formas su dvasiniu siužetu. Freskų ciklas organiškai papildo architekto Jono Kristupo Glaubico suformuotą vėlyvojo baroko interjero ansamblį.

Bažnyčios langai aukšti, grakščių proporcijų. Jų forma ir išdėstymas buvo suprojektuoti taip, kad į vidų krentanti natūrali šviesa pabrėžtų altorių plastiką ir stiuko lipdinius. Bažnyčioje stovi XVIII a. pagaminti klausyklos, suolai. Presbiterijos ir šoninių navų langus puošia devyni spalvingi vitražai, sukurti XX a. restauracijų metu. Daugumoje jų vyrauja augaliniai motyvai, yra įkomponuoti šventųjų atvaizdai. Dabartinės bažnyčios grindys paklotos iš tamsių ir šviesių akmens (marmuro bei granito) plytelių, sudarančių geometrinį raštą, būdingą vėlyvojo baroko ir klasicizmo epochoms. Po grindimis yra išlikę platūs požemiai ir rūsiai, kuriuose šimtmečius buvo laidojami žymūs miestiečiai, universiteto profesoriai bei bažnyčios geradariai.Senosios antkapinės plokštės, anksčiau buvusios grindų dalimi, XIX a. rekonstrukcijų metu buvo perkeltos prie sienų arba į koplyčias, siekiant suvienodinti bažnyčios erdvę.

Virš pagrindinio įėjimo esančioje vargonų tribūnoje sumontuoti didžiausi Lietuvoje vargonai, turintys 64 registrus, tris manualus ir pedalus. Instrumentas paremtas dvejomis plastiškomis rokoko stiliaus kolonomis. Dabartinis instrumentas yra sudėtingos istorinės raidos rezultatas: vargonai šioje vietoje buvo keičiami bei perstatomi bent šešis kartus, o dabartinis jų pavidalas atkurtas 2000 m. (vargonų meistrai „UAB Vilniaus vargonų dirbtuvė“). Instrumentą sudaro 3625 (kitais duomenimis – 3925) mediniai ir metaliniai vamzdžiai, išdėstyti trijuose tarpsniuose puošniame barokiniame korpuse. Vargonų dispozicija rekonstruota remiantis istorine Adomo Gotlybo Kasparinio (Adam Gottlob Casparini) bei vėlesne Juozapo Radavičiaus tradicija. Nors instrumentas yra palankiausias XVIII a. – XIX a. I pusės vokiečių kompozitorių muzikai atlikti, dėl savo dispozicijos universalumo juo sėkmingai interpretuojami ir kitų epochų bei šalių (ypač prancūzų) kompozitorių kūriniai.

Istoriniai šaltiniai liudija, kad vargonai šiuose skliautuose skambėdavo per visas svarbiausias Vilniaus universiteto iškilmes. XX a. pabaigoje (1983–2000 m.) vargonai buvo kapitaliai restauruoti ir išplėsti vokiečių firmos „Alexander Schuke Potsdam Orgelbau“, išlaikant istorinį fasadą, bet sumontuojant modernią mechaninę traktūrą.

Šv. Jonų bažnyčios perimetru išdėstytos koplyčios, kurių skaičius šaltiniuose nurodomas nevienodai dėl skirtingo patalpų funkcinio vertinimo. Oficialioje bažnyčios svetainėje išskiriamos 6 pagrindinės koplyčios. Koplyčios išsidėsčiusios asimetriškai aplink pagrindinį pastatą: žiūrint nuo vargonų pusės kairiojoje navoje - Šv. Onos (buvusi Mykolo) koplyčia, Oginskių (buvusi Dievo Kūno kongregacijos) koplyčia, Marijos Paguodos koplyčia, Gerosios vilties (buvusi Nekalto prasidėjimo) koplyčia, kurioje šiuo metu įrengta zakristija; žiūrint nuo vargonų pusės - dešiniojoje navoje - Šv. Barboros koplyčia, Kozmos ir Damijono arba Piaseckių koplyčia.

Kairėje bažnyčios navoje pirmoji nuo vargonų esanti Šv. Marijos Paguodos koplyčia (dar kitaip vadinama Šv. Stanislovo Kostkos, Viduriniosios Kongregacijos vardais) buvo sumūryta XVII a. pirmoje pusėje šiauriniame šventoriuje plytėjusiame sodelyje. Jos eksterjeras pasižymi ankstyvajam Vilniaus barokui būdingu santūrumu bei lakoniškomis formomis, virš altoriaus kyla kupolas su žibintu. XVII–XVIII a. ši erdvė turėjo tiesioginę jungtį su Vilniaus akademijos centriniu korpusu.

Pagal 1774 m. aprašymą, koplyčios sienos buvo dekoruotos marmuro imitacija ir juoduoju marmuru, kupolą puošė freskos. Apšvietimą kūrė keturi vitražiniai langai, kuriems priešingoje sienoje atliepė keturi veidrodiniai langai. Interjero akcentas - altorius su paveikslu „Švč. Mergelė Marija su Kūdikiu“ su aptaisu ir dekoratyviai paauksuotu rėmu.

1969 m. restauracijos metu kupolo skliautuose aptikti portretinės tapybos fragmentai, o iki 1981 m. atkurta beveik visa sieninė tapyba, dengianti viršutines sienų dalis, vakarinius skliautus, rytinės dalies tambūrą, kupolą bei žibintą.

Meninis koplyčios atnaujinimas susijęs su 1726 m. birželio 19 d. įvykusia jėzuitų auklėtinių Stanislovo Kostkos ir Aloyzo Gonzagos kanonizacija Vatikane (pirmininkaujant popiežiui Benediktui XIII). Šia proga Šv. Marijos Paguodos koplyčia buvo paskirta Šv. Stanislovui Kostkai ir naujai ištapyta scenomis iš jo gyvenimo, stebuklų bei apoteozės. Nors autorius nežinomas, spėjama, kad tai buvęs jaunas italas, konsultuotas jėzuitų profesorių.

Kupolo tapybinė kompozicija skirstoma į dvi pagrindines zonas: žemiškąją, kurios apačioje pavaizduoti kanonizavimo dalyviai, ir dangiškąją. Šiaurinėje kupolo dalyje nutapytas popiežius Benediktas XIII, o greta jo – aštuonių jėzuitų grupė su raudona toga vilkinčiu Vilniaus universiteto rektoriumi Vaitiekumi Daukša, virš kurio sklendžia šlovės genijus su akademijos rektoriaus skeptru. Pietvakarių pusėje vaizduojami du Lenkijos didikai, o pietinėje dalyje išsirikiavusi vienuolikos Lietuvos didikų delegacija su dvispalve LDK vėliava bei individualizuotais, tikėtina, iš graviūrų perpieštais portretais. Rytinėje sienoje per visą aukštį iškyla monumentali Šv. Stanislovo Kostkos figūra juodu apsiaustu, o gretimose sienose įamžintas jo krikštas bei stebuklingas Lvovo miesto išgelbėjimas nuo gaisro. Galiausiai dangiškojoje zonoje – vakarinės sąramos cilindriniuose skliautuose – nutapyta šventojo apoteozė danguje, kur jį supa Švenčiausioji Trejybė, Dievo Motina ir angelai.

Kairėje bažnyčios navoje nuo vargonų esanti Šv. Onos koplyčia (istoriniuose šaltiniuose dar vadinama Šv. Mykolo, Švenčiausiosios Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo, Šv. Angelų Sargų arba Studentų kongregacijos mažąja koplyčia) sumūryta XVII–XVIII a. sandūroje. Koplyčios erdvę sudaro dvi skirtingo dydžio sąramos su niveliuotais buriniais skliautais. Architektūrinę struktūrą pietinėje pusėje skaido autentiškas gotikinis kontraforsas, kurį šiaurinėje sienoje atitinka tokio pat pločio piliastras.

Koplyčios apšvietimą sukuria penki šiaurinės sienos langai, kuriems pietinėje pusėje suformuota atsvara – penki nutapyti iliuziniai langai bei du barokiniai portalai.

Vakarinis portalas puošia durų angą į bažnyčios vidų. Glifus dekoruoja penkios stilizuotų augalų šakų panoplijos, kuriose užkoduotos raidės „A“ ir „C“ (Angeli Custodes – Angelai Sargai) bei monogramos „PC“ ir „M“. Frontone nulipdytas barokinis kartušas su kriaušės formos skydu, o viršuje sėdi dvi Jono Hedelio sukurtos angelų sargų figūros. Rytinis portalas veda į nedidelę zakristiją. Šis korintinio orderio portalas yra kuklesnis, dekoruotas keturiomis panoplijomis, o jo viršuje stovi rokokinė vaza, apsupta dar dviejų J. Hedelio angelų skulptūrų. Vakarinėje sienoje įrengtas vargonų choras, remiamas dviejų žemyn smailėjančių stulpų. Pietiniame choro krašte sumūryti laiptai, virš kurių matomas bareljefinis Karaliaus Dovydo atvaizdas. Skliautus puošia freskos, vaizduojančios biblinę Esteros ir Ahasvero istoriją.

Didžiausia koplyčios meninė vertybė – 1864 m. iš Pranciškonų bažnyčios perimtas medinis, gausiai drožinėtas XVIII a. vidurio Šv. Viktoro (Viktorino) altorius, reprezentuojantis pereinamąjį iš baroko į rokoką laikotarpį bei traktuojamas kaip sudėtingas skulptūrinis teologinis traktatas. Jo centre iškyla simbolinis gyvybės medis – iš masyvaus vynmedžio kamieno suformuotas kryžius su vešliais lapais ir vynuogių kekėmis, įprasminantis Eucharistijos paslaptį bei vyno virtimą Kristaus krauju. Šis vynmedis išauga tiesiai iš III a. kankinio, romėnų karininko Šv. Viktoro karsto, kurio relikvijos matomos pro specialius langelius, o aplink jį tarsi sargybiniai stovi keturios kankinių skulptūros: kariai Šv. Jurgis bei Šv. Florijonas ir kunigai Šv. Steponas bei Šv. Laurynas. Altoriaus kompoziciją vainikuoja Dievo Tėvo ir keturių evangelistų figūros, simbolizuojančios Kristaus mokymo apoteozę, bei po debesimis esantis sidabruotas Šventosios Dvasios balandis.

Koplyčios įėjimą iš šiaurinės navos pusės puošia 1748 m. Jono Kristupo Glaubico suprojektuotas portalas. Jo kompozicija skirta Dievo Motinos Nekaltojo Prasidėjimo apoteozei. Masyvios barokinės formos ir juodos kolonos apačioje viršutinėje dalyje pereina į lengvą frontoną, kuriame vaizduojama debesyse kylanti Marija. Ją lydi Angelai Sargai su vaikų sielomis, o kompozicijos apačioje ant akroterijų sėdintys angeliukai simboliškai muša velnius.

Kairėje bažnyčios navoje nuo vargonų esanti Dievo Kūno koplyčia (dar žinoma kaip Oginskių koplyčia) buvo sumūryta XVI a. antroje pusėje (apie 1573 m.) ir iš pradžių priklausė Dievo Kūno garbinimo brolijai. Po tragiško 1737 m. gaisro, sunaikinusio visą interjerą, koplyčia buvo atstatyta architekto A. Viurcnerio, tačiau vėliau apleista. Naują gyvavimo etapą koplyčia pasiekė Oginskių giminės dėka: Trakų vaivada Tomas Oginskis perėmė ją savo globon, paversdamas giminės mauzoliejumi. Šiuo metu koplyčioje saugomas Švenčiausiasis Sakramentas.

Koplyčios rekonstrukciją XVIII a. viduryje vyko pagal jėzuitų architekto G. Lekevičiaus (T. Žebrausko mokinio) projektą. Senieji mūrai buvo išgriauti iki pamatų, o naujasis interjeras įgavo klasicistinio monumentalumo: sienos suskaidytos suporintais korintiniais piliastrais, išryškintas antablementas ir karnizas. Altorių vietoje įrengta niša, kurioje patalpinta iš gaisro išgelbėta stebuklingoji XVI a. Kristaus Nukryžiuotojo medinė skulptūra.

Meniniu požiūriu vertingiausia yra nežinomo meistro XVIII a. freskų kompozicija, įprasminanti Eucharistijos paslaptį per tris susijusius siužetus. Pirmasis motyvas išsiskiria buitiniu realizmu ir vaizduoja žydų tautos maitinimą dangiškąja mana tyruose, kur 31 figūra maną gaudo įvairiausiais indais ar net paklodėmis, o pietinėje sienoje nutapyti stebuklo nustebinti Mozė bei vyriausiasis kunigas Aaronas. Skliautų centre kompoziciją tęsia didelis angelas, rodantis atverstą knygą su lotynišku tekstu iš Šv. Jono evangelijos apie „tikrąją duoną iš dangaus“, o rytiniame altoriniame gale kūrinį užbaigia angelų apsupta Sandoros skrynia, virš kurios debesyse iškyla aukso taurė su ostija – mišių paslapties ir dieviškojo įsikūnijimo simbolis.

XIX a. viduryje Irenėjus Kleopas Oginskis inicijavo koplyčios atnaujinimą. Pagal J. K. Vilčinskio projektą ir J. V. Puzino kartonus Paryžiaus firmoje „Loran ir Gazel“ buvo pagaminti pusiau ornamentiniai vitražai. Juose vaizduoti žymiausi Vilniaus bažnyčių šventieji paveikslai ir Oginskių herbai. Nors vitražai buvo pagaminti 1861 m., dėl carinės administracijos draudimų po 1863 m. sukilimo jie įstatyti tik 1890 m. Antrojo pasaulinio karo metais vitražai buvo sunaikinti, 1980 m. restauratorius A. Grabauskas iš stiklo likučių atkūrė jų ornamentinę sistemą.

Prie sienos įrengta medinė klausyklos niša ir paprastos medinės suolų eilės, skirtos maldai ir privačioms pamaldoms. Virš klausyklos matyti skulptūriniai dekoratyviniai elementai ir architektūrinė galerija su vargonų prospektu, dekoruotu auksuotomis detalėmis ir barokinei plastikai būdingais ornamentais. Šie elementai kontrastuoja su santūresne koplyčios architektūra ir rodo vėlesnių laikotarpių meninius sluoksnius. Oginskių koplyčios vargonai vieno manualo, aštuonių registrų. Vargonų prospektas barokinis, papuoštas paauksuota drožyba. Grindys išklotos akmens plokštėmis, dalį koplyčios dengia tekstilinė danga, žyminti maldos zoną su suolais.

XIX a. rekonstrukcijų metu, kai bažnyčia buvo pertvarkoma pagal architekto Karolio Podčašinskio projektus, ši koplyčia buvo pakeista palyginti nedaug. Dėl to joje geriau nei kitose bažnyčios erdvėse išliko ankstesniojo architektūrinio laikotarpio bruožai.

Šv. Barboros koplyčia yra pirmoji koplyčia, esanti dešinėje pusėje nuo vargonų choro. Ją savo lėšomis įrengė ir globojo Vilniaus auksakalių cechas, taip pabrėždamas profesinių brolijų indėlį į šventyklos puošybą.

Pagrindinis koplyčios akcentas – vėlyvojo baroko stiliaus Šv. Barboros altorius, pasižymintis plastiškomis formomis ir gausia puošyba. Šis medinis, polichromuotas ir auksuotas dviejų tarpsnių kūrinys išsiskiria banguotais cokoliais bei kontrastinga spalvine gama: architektūriniai elementai dažyti juosva ir rausva, marmurą imituojančia spalva. Altoriaus meninę programą sudaro du paveikslai, šešios skulptūros bei reljefinė glorija. Pirmajame tarpsnyje įkomponuotas titulinis paveikslas „Šv. Barbora“, kurį iš šonų rėmina monumentalių apaštalų Šv. Petro ir Šv. Pauliaus skulptūros. Antrajame tarpsnyje matomas paveikslas „Šv. Mikalojus“ (dar identifikuojamas kaip „Vyskupas, duodantis išmaldą“), o kompoziciją vainikuoja reljefinė glorija su Dievo Tėvo figūra bei aplink išdėstytos grakščios angeliukų skulptūros. Šis ansamblis harmoningai užbaigia koplyčios erdvę, suteikdamas jai vėlyvajam barokui būdingo iškilmingumo ir dvasinės dinamikos.

Piaseckių koplyčia yra įsikūrusi už Šv. Barboros koplyčios, dešinėje pusėje nuo vargonų choro. Šią erdvę įrengė ir globojo Vilniaus gydytojų bei barzdakučių cechas, todėl pagrindinėje altoriaus kompozicijoje matomi šios profesijos globėjų – Šv. Kozmos ir Šv. Damijono – atvaizdai. Pirmajame altoriaus tarpsnyje taip pat pavaizduoti Šv. Kazimieras bei Šv. Vaclovas (arba Šv. Vladislovas), o pačioje viršūnėje įkomponuota Šv. Kotryna Aleksandrietė.

Altorius yra medinis, gausiai dekoruotas stiuko lipdiniais, angelų figūromis bei reljefinėmis angelų galvutėmis. Koplyčios meninę programą papildo paveikslai: „Šv. Hilarijus“, „Popiežius Grigalius XIII“ bei kūrinys, vaizduojantis nežinomą popiežių. Šis ansamblis atspindi profesinių brolijų tradicijas ir jų indėlį į šventovės memorialinę bei sakralinę erdvę.

Erdvi ir puošni zakristija įrengta šiaurinėje bažnyčios navoje, už Oginskių koplyčios. Ji suformuota 1761 m., iš pagrindų perstačius šioje vietoje stovėjusius gyvenamuosius namus. Rekonstrukcijos metu patalpa buvo paaukštinta, joje sumūryti vėlyvajam barokui būdingi skliautai, išlikę iki šių dienų.

Skliautų viduryje įkomponuotas sudėtingo kontūro plafonas, kuriame vaizduojama siužetinė scena: vyriausiojo žydų kunigo bei Šv. Jono Krikštytojo tėvo Zacharijo atnašavimas šventykloje. Manoma, kad ši monumentali freska nutapyta XVIII a. antroje pusėje ir organiškai papildo bendrą šventovės meninę programą, skirtą tituliniams bažnyčios šventiesiems.

Šiuo metu senojoje zakristijoje veikia Vilniaus universiteto muziejaus ekspozicija „Mokslas ir gyvenimas jėzuitiškame universitete“. Ji skirta svarbiausioms universiteto istorijos temoms pristatyti, autentiška vėlyvojo baroko aplinka su išlikusia XVIII a. sienine tapyba sukuria išskirtinį kontekstą akademiniam paveldui eksponuoti. Zakristijoje eksponuojamas dailininko Adomo Smetonos (1901–1942) dekoratyvinis pano „Steponas Batoras įkuria Vilniaus universitetą“. Kūrinys buvo nutapytas 1939 m. specialiai Lietuvos paviljonui Niujorko pasaulinėje parodoje. Paveiksle vaizduojama istorinė scena, kai Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Steponas Batoras įteikia privilegiją įkurti universitetą Vilniuje. Paveikslas į Lietuvą grįžo po ilgų klajonių, nes dėl Antrojo pasaulinio karo pradžios Niujorko parodos eksponatai ilgą laiką negalėjo būti parvežti į tėvynę.

Pagrindinis straipsnis – Vilniaus šv. Jonų bažnyčios varpinė.

Šalia bažnyčios stovi 68 metrų aukščio varpinė, laikoma aukščiausiu Vilniaus senamiesčio statiniu. Ji pastatyta atskirai nuo bažnyčios korpuso ir yra svarbi viso Vilniaus universitetas architektūrinio ansamblio dalis. Varpinė pasižymi penkių tarpsnių struktūra: masyvūs apatiniai aukštai išlaikė renesanso architektūrai būdingą santūrią kompoziciją ir aiškią formų geometriją. Viršutiniai tarpsniai dekoruoti gausesniais architektūriniais elementais ir atspindi vėlyvojo baroko stilistiką. Bokštą vainikuoja grakštus šalmo formos stogas su dekoratyviniais elementais, suteikiantis visai kompozicijai vertikalumo ir lengvumo įspūdį. Iš varpinės apžvalgos aikštelės atsiveria plati Vilniaus senamiesčio panorama, todėl ji yra vienas ryškiausių miesto architektūrinių akcentų.

Fuko švytuoklė įrengta Šv. Jonų bažnyčios varpinės viduje XXI a. pradžioje ir yra viena iš lankytinų vietų Vilniaus universiteto ansamblyje. Tai mokslo prietaisas, skirtas pademonstruoti Žemės sukimąsi aplink savo ašį. Ji ne tik turi mokslinę reikšmę, bet yra edukacinis objektas, leidžiantis lankytojams susipažinti su fizikos principais bei astronomijos reiškiniais. Fuko švytuoklė taip pat papildo varpinės funkciją kaip apžvalgos ir pažintinės erdvės dalį. Dėl aukštos varpinės erdvės šis prietaisas veikia itin efektyviai, nes ilga švytuoklės virvė leidžia aiškiai stebėti svyravimo pokyčius. Todėl ji laikoma vienu įdomiausių mokslinių eksponatų Vilniaus universiteto istoriniame komplekse.

Su Šv. Jonų bažnyčios eksterjeru siejama populiari Vilniaus legenda apie du „juoduosius angelus“, esančius ant rytinio fasado (iš Pilies gatvės pusės) viršaus. Nors skulptūros pajuodavo dėl natūralaus laiko ir aplinkos poveikio, vietos folklore jos dažnai vadinamos „juodaisiais sargybiniais“. Pasakojama, kad Dievas šiems angelams leidęs nusileisti ant žemės tik tada, jei jie Vilniuje suras patį laimingiausią ir patį nelaimingiausią žmogų; legendos teigimu, angelams nepavyko rasti absoliučiai nelaimingo žmogaus, todėl jie iki šiol liko sėdėti savo vietose, saugodami miestą iš aukštai.

Šv. Jonų bažnyčia per kelis šimtmečius tapo svarbia Vilniaus kultūrinio gyvenimo erdve. Nuo XVI a., kai bažnyčia buvo susieta su Vilniaus universitetu, joje vyko ne tik religinės apeigos, bet ir įvairios akademinės bei kultūrinės veiklos. Ši tradicija išliko iki šių dienų, todėl bažnyčia laikoma vienu svarbiausių universiteto kultūrinio gyvenimo centrų. Istoriškai bažnyčioje vykdavo universiteto iškilmės, pamaldos akademinei bendruomenei, iškilmingi minėjimai ir religinės procesijos. Jėzuitų laikotarpiu bažnyčia buvo glaudžiai susijusi su akademiniu ugdymu – čia vyko pamokslai, teologiniai disputai ir iškilmingos šventės, skirtos svarbiems religiniams bei akademiniams įvykiams. Tokia praktika atspindėjo jėzuitų švietimo tradiciją, kurioje religija, menas ir mokslas buvo suvokiami kaip glaudžiai susijusios sritys.

XX a. antroje pusėje, po restauracijos, bažnyčia pradėta aktyviau naudoti kultūriniams renginiams. Dėl puikios akustikos ji tapo viena svarbiausių chorinės ir vargonų muzikos koncertų vietų Vilniuje. Bažnyčioje reguliariai rengiami sakralinės muzikos koncertai, festivaliai ir akademinės ceremonijos. Čia koncertuoja universiteto chorai ir muzikos kolektyvai, tarp jų Vilniaus universiteto akademinis choras „Gaudeamus“, Vilniaus universiteto choras „Pro musica“ ir Vilniaus universiteto merginų choras „Virgo“. Be koncertų, bažnyčioje vyksta įvairūs kultūros renginiai: paskaitos, parodos, literatūriniai vakarai ir universitetinės šventės. Tokie renginiai dažnai siejami su akademinių metų pradžia ar pabaiga, universitetiniais jubiliejais ir kitomis svarbiomis datomis.

Svarbus istorinis įvykis bažnyčios gyvenime įvyko 1993 m. rugsėjo 5 d., kai ją aplankė popiežius Jonas Paulius II, viešėjęs Lietuvoje per 1993 m. popiežiaus vizitą Lietuvoje, Latvijoje ir Estijoje. Vizito metu popiežius susitiko su akademine bendruomene ir meldėsi bažnyčioje, pabrėždamas jos istorinį ryšį su Vilniaus universitetu.

Šiandien Šv. Jonų bažnyčia išlieka gyva kultūros ir akademinės bendruomenės erdvė. Joje vyksta pamaldos, koncertai ir visuomeniniai renginiai, kurie jungia religinę tradiciją su universiteto kultūriniu gyvenimu. Dėl šios priežasties bažnyčia laikoma ne tik reikšmingu sakralinės architektūros paminklu, bet ir svarbia Vilniaus kultūrinės tapatybės dalimi.