Brunėjaus vėliava kilo iš geltonos sultono vėliavos. 1906 metais buvo įterptos balta ir juoda įstrižos juostos. Jų pločių santykis atitinkamai yra 17:15, t. y., balta juosta yra šiek tiek platesnė. Jos simbolizavo vadovaujančius vizirius Pengiran Bendahara ir Pengiran Pemanscha. 1959 m. rugsėjo 29 dieną įvedus konstituciją, vėliavos centre buvo pridėtas Brunėjaus herbas. Jį sudaro pusmėnulis (simbolizuojantis islamą), sujungtas su skėčiu (simbolizuojančiu monarchiją) ir dvi pirštinės iš abiejų pusių. Po pusmėnuliu yra kaspinas. Ant pusmėnulio ir kaspino yra arabiški užrašai, reiškiantys „Brunėjaus valstybė, taikos buveinė“ ir „nėra kito Dievo, tik Alachas; Muchamedas yra jo pranašas“.
Brunėjaus vėliava, pločio ir ilgio santykis 1:2 Karinė jūrų Brunėjaus vėliava, pločio ir ilgio santykis 1:2