Šaknis – kertinė, neskaidoma žodžio dalis, formalus ir semantinis žodžio branduolys be afiksų. Šaknis yra bendra visiems giminiškiems žodžiams, pridedant priesagas, galūnes, priešdėlius, intarpus gali tapti bet kuria reikšmine kalbos dalimi. Kiekvienas reikšminis žodis turi bent vieną šaknį (sudurtiniai – dvi ir daugiau). Kiekviena kalba turi praktiškai neribotą šaknų skaičių, o kitų žodžio dalių imtis yra baigtinė.
Lietuvių kalboje (kaip ir indoeuropiečių kalbose apskritai) būdingi vienskiemenės šaknies žodžiai (pvz., ei-, ei-ti, ei-klus, ėj-imas; plg. skr. i-, e-ti, i-hi). Kartais pasitaiko žodžių, kuriuos sudaro tik šaknis (be afiksų): gal, tik, daug. Būna ir dviskiemenių šaknų.
Yra dvejopas šaknų išskyrimo būdas: pagal etimologiją ir sinchroniniu būdu. Pvz., sinchroniškai žodžio dien-a šaknis yra dien-, bet etimologiškai iš tiesų šaknis yra die- (su formantu -n-) ir bendra su žodžius Die-vas, dei-vė sudarančiomis šaknimis, kurios kilusios iš ide. *dei̯- ‘šviesti, būti šviesiam’.
Taip pat reikia atkreipti dėmesį, kad indoeuropiečių kalbose šaknims galioja trijų laipsnių balsiokaitos taisyklė – šaknies balsis gali būti trejopo ilgumo: normaliojo, pailgintojo ir silpnojo (arba nykstamojo), pvz., gerti (normalusis) – gėrė (pailgintasis), esti (normalusis) – sen. liet. sąs 'esąs' (nykstamasis), kerpa (normalusis) – kirpo (silpnasis).